慈云寺创建于民国十七年(1928年)，是东北抗日名将、依兰镇守使李杜将军为其妹清莲法师(第一主持)所建。占地面积1564平方米。整体建筑层次分明，主体建筑为天王殿、大雄宝殿和龙王殿三座大殿，自南向北整齐的排列在中轴线上，前一殿为南向，龙王殿为北向。大雄宝殿两侧为东西配房，天王殿前有钟鼓二楼。重建的牌楼式山门，古朴典雅，高大雄伟。山门上“慈云寺”三个大字由已故中国佛教协会会长、中国佛学院院长、中国书法家协会副主席赵朴初先生亲笔所提。慈云寺开放以来，汪道涵、陈雷、孙维本、邵奇惠、侯宝林、李光曦、曲啸等领导及各界名人都曾在此驻足；日本、德国、俄罗斯、香港、台湾等国家和地区的游客也前来观光；联合国教科文组织东亚司满祖史研究会的七位日本学者曾前来考察。1988年宝谛法师等尼僧驻死讲学，首创黑龙江省佛学院依兰尼众班传播佛事活动，台湾圆光佛学院教务长慧空大法师曾到此给尼众班的学员传经讲学。