王祖贤曾与黎明、许冠杰等因合拍电视剧传过恋爱绯闻，而真正夺得伊人芳心的是男主角齐秦。1998年3月19日，王祖贤在台北记者会上公开感谢男友齐秦，两人从1987年合作电影《芳草碧连天》开始交往，在一起分分合合近15年，2001年底，王祖贤赴温哥华游学时(就读LangaraCollege兰加拉学院学习语言)正式告终。期间，王祖贤还和豪门公子林建岳交往，他老爸是富豪级别的电视台幕后老板，与事业刚刚起步的齐秦相比，林公子是为财大气粗又有权有势的豪门少爷，但两人的恋情也没有任何结果。如今，齐秦已经有了自己的妻女，而王祖贤好似也看破红尘，在加拿大乐得自在。